De tre vanligste typene overføringsmembraner som brukes til påvisning av protein- og nukleinsyreoverføring er nitrocellulosemembraner, polyvinylidenfluorid (PVDF) membraner og nylonmembraner. Nitrocellulosemembraner er en ofte brukt matrise i proteinblotting på grunn av deres høye proteinbindingsaffinitet og kompatibilitet med forskjellige deteksjonsmetoder. Proteinbindingskapasiteten til nitrocellulosemembraner er 80-100 µg/cm², og proteinimmobilisering skjer hovedsakelig gjennom hydrofobe interaksjoner. Nitrocellulosemembraner er sprø og skjøre, noe som begrenser deres bruk for merking og ommerking.
Polyvinylidenfluorid (PVDF) membraner har høy bindingsaffinitet for både proteiner og nukleinsyrer. PVDF-membraner er svært hydrofobe og må pre-fuktes med metanol eller etanol før nedsenking i overføringsbuffer. Proteinbindingskapasiteten til PVDF-membraner er 170-200 µg/cm². Sammenlignet med nitrocellulose er PVDF-membraner mindre sprø og skjøre, har bedre mekanisk styrke og kjemisk stabilitet, og er egnet for Western blotting-eksperimenter som krever merking og ommerkingstrinn. På grunn av deres hydrofobisitet er PVDF-membraner et foretrukket valg for hydrofobe proteiner.
Nylonmembraner binder proteiner og nukleinsyrer gjennom ioniske, elektrostatiske og hydrofobe interaksjoner. Proteinbindingskapasiteten til nylonmembraner kan nå 480 µg/cm². Nylonmembraner viser høy holdbarhet, og gir fordeler i Western blotting-eksperimenter som krever merking og ommerking. En betydelig ulempe ved å bruke nylonmembraner for blotting-applikasjoner er potensialet for ikke-spesifikk binding med anioner.