Når du velger en overføringsmembran, må membrantypen og porestørrelsen bestemmes basert på molekylvekten, hydrofobiteten og andre egenskaper til målproteinet, samt kravene til nedstrømsapplikasjoner. De fleste proteiner kan bruke membraner med en porestørrelse på 0,45 µm, mens for lavmolekylære proteiner eller peptider (kDa) anbefales membraner med en porestørrelse på 0,1 eller 0,2 µm. PVDF-membraner er et foretrukket valg for hydrofobe proteiner (som membranproteiner).
Ulike membraner krever forskjellige forbehandlingstrinn. PVDF-membraner er svært hydrofobe og må aktiveres ved å fukte med metanol eller etanol før nedsenking i overføringsbufferen. Nitrocellulose- og nylonmembraner kan vanligvis ekvilibreres direkte i overføringsbufferen.
De viktigste elektrooverføringsmetodene inkluderer våt elektrooverføring, semi-tørr elektrooverføring og tørr elektrooverføring. Våt elektrooverføring er egnet for et bredere spekter av proteinmolekylvekter, mens semi-tørr elektrooverføring er raskere, men mer egnet for små molekyler.
Metanolkonsentrasjonen i overføringsbufferen påvirker proteinbinding og gel-krymping. Strøm, spenning og tid må optimaliseres for å hindre proteinpenetrasjon gjennom membranen. For å forhindre at membranen tørker ut i påfølgende trinn, bør ubrukte PVDF-membraner forsegles og oppbevares på et kjølig, tørt sted.